1. 痛点问题
RNA干扰已成为一种广泛应用的转录后实验方法,越来越多地显示出其作为未来靶向药物的潜力。然而,高效sirna的预测仍然受到数据集偏差、预测方法的不足和脱靶效应的存在的阻碍。这些设计的复杂性限制了其应用范围。
2. 解决方案
我们提出了一种准确且鲁棒的siRNA设计预测方法OligoFormer。OligoFormer包括热力学计算,RNA-FM模块和Oligo编码器三个不同的模块。Oligo编码器是基于transformer编码器的核心模块。以siRNA和mRNA序列为输入,通过OligoFormer这三个模块分别获得热力学参数、RNA-FM embedding和Oligo embedding。我们还提供了一个使用PITA评分和TargetScan评分来预测siRNA的抑制效果和脱靶效应的流程。
图1 OligoFormer概述
目前,siRNA技术在基因沉默和药物开发领域具有广泛应用,但siRNA设计的复杂性限制了其应用范围。OligoFormer作为一款siRNA设计软件,致力于解决这一难题,通过智能算法和数据分析,快速准确地设计出高效的siRNA序列,受到了科研机构和制药公司的关注。同时,我们计划与visirna公司合作,验证软件设计的siRNA在体内和体外的效果,进一步证实其应用价值。此外,我们将不断完善用户体验,提供更加友好的界面和个性化的设计方案。随着OligoFormer的不断完善和推广,通过软件的销售和服务收费,以及与实验室的合作项目,我们预计可以实现稳定的经济收益。同时,随着siRNA技术在生命科学和医药领域的不断发展,OligoFormer的市场需求也将持续增长,带来更广阔的商业前景。
在siRNA数据集上,我们将OligoFormer与5种siRNA设计的方法进行了比较。OligoFormer优于所有其他方法,AUC平均提高9%, F1 score平均提高了10.7%。
siRNA作为基因沉默和基因调控的重要工具,在医药和生物科技领域有广泛应用前景。随着基因治疗和精准医疗的发展,siRNA技术的需求不断增长,市场规模巨大且持续扩大。然而,siRNA设计的挑战依然存在,这正是OligoFormer的价值所在。该软件能够高效、准确地设计出具有优异特性的siRNA序列,大大提高了研究人员和生物技术公司的工作效率和成功率。尽管siRNA设计软件市场已有几家竞争对手,但大多数产品存在设计效率低、准确性差等问题。OligoFormer以其独特的算法和功能优势大大提高了准确性。siRNA设计软件行业尚处于快速发展阶段,有望随着技术的成熟而进一步壮大。随着生物技术领域的持续繁荣,OligoFormer有望成为该领域的重要工具,为用户带来巨大的价值。
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